El comercio se mueve a la medida que la ciudad lo hace, actualmente es reconocida como una ciudad turística, la cual cuenta con una muy buena infraestructura hotelera, lo que hace que muchos de turistas visiten la ciudad durante casi la totalidad del año, todo esto sumado al excelente comercio interno de: almacenes, centros comerciales, tiendas, supermercados, restaurantes, su nueva plaza de mercado, carnicerías, misceláneas, etc. Ir de compras por san Sebastián de Mariquita es una experiencia interesante por la variedad de productos en artesanías, que se pueden encontrar en tiendas y almacenes. También cabe destacar que el sector ganadero es uno de los mas prósperos, y en el área rural (la parte plana) la mayoría de las fincas son ganaderas, en la zona montañosa predominan los cultivos de aguacate y de guanábana, también el cultivo de la caña para la producción panelera.
Se destacan restaurantes muy variados que van desde comida típica (tamales, lechona, etc) pizerias, comida mejicana, asaderos y comidas rápidas, así como la gran variedad de heladerias y venta de frutas con sus derivados (Ensaladas, salpicones, jugos etc). Los horarios del comercio son: de lunes a sábado, de 8 am a 12 m y de 2pm a 10 pm; las entidades bancarias permanecen abiertas en horarios de lunes a viernes de 8am a 4 pm. Dentro del comercio tambien sobresalen los sitios turísticos que son los que atraen a los visitantes. Alrededor de el centro de acopio se desarrolla una fuerte actividad comercial que genera muy buenos dividendos a la población que vive de ello, también a la gran cantidad de agricultores con que cuenta la localidad, siendo una de las principales fuentes de ingreso de dicha población.
De acuerdo a las Metodologías de estratificación dictadas por el DANE. Ley 505/99 Ley 732/02 y demás referentes a estratificación socio-económica. El cambio de uso de vivienda a comercio es causa de la perdida de identidad arquitectónica. La mayoría de las edificaciones al no lograr conciliar el encuentro de dos épocas ha causado un gran deterioro al patrimonio histórico.
La ciudad es conocida por ser un centro de inmigración, la cual es un fenómeno que siempre se ha dado en la localidad, dada su cercanía con las capitales mas importantes, también por que comercialmente ofrece muchas posibilidades de éxito a emprendedores y comerciantes independientes, debido a ello es que el sector de la construcción es uno de los grandes beneficiados por el rápido crecimiento de la ciudad, la cual en estadísticas a nivel nacional es una de las poblaciones con un mayor indice en cuanto a este fenómeno cultural.